Bei Ankunft im Labor werden zunächst die Proben und die Einsendescheine zusortiert und die Patientendaten verglichen.

Vom Einsender erhält der Pathologe neben dem Probenmaterial einen Einsendeschein mit den Patientendaten und klinische Informationen über Entnahmelokalisation, klinischer Verdachtsdiagnose und ggf. Angaben zur Krankengeschichte.

Im nächsten Schritt wird eine Labornummer vergeben. Diese wird auf Strichcode-Aufkleber gedruckt und auf die Probengefäße und die Begleitformulare geklebt. Anschließend werden im Laborinformationssystem die Färbungen festgelegt und Einbettkassetten gedruckt. Diese sind mit einem 2D-Pixelcode versehen.

Danach werden die Gewebsproben sortiert. Kleine Proben werden vollständig in die vorbereiteten Kassetten gegeben. Größere Präparate werden zugeschnitten und dann teilweise oder vollständig in mehrere Kassetten gegeben.

Über Nacht werden die Probenim Einbettautomat fixiert, entwässert und mit Paraffin (Wachs) eingebettet. 

Am nächsten Morgen werden die Kassetten geöffnet und die Gewebsproben in Paraffin-Blöcke gegossen.Über Nacht werden die Proben im Einbettautomat fixiert, entwässert und mit Paraffin (Wachs) eingebettet.

Nach dem Auskühlen der Paraffinblöcke können mit dem Mikrotom in etwa 5µm dicke Schnitte geschnitten werden.

Die 2D-Barcodes auf den Kassetten werden mittels Barcodescanner ausgelesen. Hier werden dann am Schneideplatz die passenden Objektträger mit der zugehörigen Labornummer gedruckt.

Die Objektträger werden anschließend teils per Hand, teils in einem Färbeautomaten gefärbt.

Für jede Färbung muss ein eigener Objektträger gedruckt werden. Die Objektträger haben ebenfalls einen 2D-Barcode aufgedruckt. Auf diese werden nun die Paraffinschnitte aufgezogen.

Im Wärmeschrank werden die Objektträger auf 70°C erwärmt. Das Paraffin fließt ab, die Schnitte der Gewebsproben bleiben auf den Objektträger "kleben".

Nach der Färbung wird der gefärbte Schnitt in Kunstharz eingeschlossen. Hierdurch entstehen Dauerpräparate, die sich über viele Jahre halten.

Bei immunhistochemischen Färbungen programmieren die 2D-Barcodes auf den Objektträgern den Immunfärbeautomat, so dass dieser die richtigen Antikörper auf die Objektträger pipettiert.

Danach werden die Objektträger wieder den Einsendescheinen zugeordnet. Nach Austragen aus dem Laborinformationssystem werden die Fälle den Ärzten zur Befundung gegeben.